Η επιλογή του κατάλληλου μαγνητικού διαχωριστή απαιτεί την εξέταση πολλών παραγόντων, συμπεριλαμβανομένων των ιδιοτήτων του υλικού, της ικανότητας επεξεργασίας, της ακρίβειας διαχωρισμού και του περιβάλλοντος λειτουργίας. Για παράδειγμα, για λεπτά-μαγνητικά υλικά, θα πρέπει να επιλεγεί ένας μαγνητικός διαχωριστής με υψηλή ένταση μαγνητικού πεδίου και μεγάλη κλίση. για εφαρμογές με μεγάλους όγκους επεξεργασίας, θα πρέπει να επιλέγεται συμπαγής δομή και υψηλή ικανότητα επεξεργασίας.
Η συντήρηση του μαγνητικού διαχωριστή είναι εξίσου σημαντική. Ο τακτικός καθαρισμός των υπολειμμάτων και της σκόνης στο εσωτερικό του διαχωριστή, ο έλεγχος της ισχύος και της ομοιομορφίας του μαγνητικού πεδίου και η έγκαιρη αντικατάσταση φθαρμένων εξαρτημάτων είναι όλα τα βασικά στοιχεία για τη διασφάλιση της μακροπρόθεσμης- σταθερής λειτουργίας του μαγνητικού διαχωριστή.
